En 1529 se firmó la Paz de Barcelona entre Carlos I y el papa Clemente VII, por la que el monarca reconocía los derechos de la familia Médici -a la que pertenecía el papa- sobre la ciudad de Florencia y otras plazas italianas, al tiempo que el pontífice reconocía a Carlos como rey de Nápoles. Con el subcampeonato argentino del mismo año clasificó nuevamente a la Copa Sudamericana, ya con la dirección técnica de Carlos Leeb, dónde quedó eliminado en Octavos frente al Fluminense de Río de Janeiro, quedando 12°. Al final de la misma temporada, quedó 4° en la tabla general y volvió a entrar a la Copa Libertadores de 2007, eliminando por un punto a Lanus.
