Al final de dicha temporada José Luis Real tomaría el mando del equipo y opta por darle más oportunidades en el primer equipo a los jóvenes de las fuerzas básicas. José Manuel de la Torre se mantuvo en el cargo por dos torneos más, hasta la jornada 9 del Apertura 2007, siendo reemplazado por Efraín Flores. El propietario del equipo admitió que fue un error tratar de modernizar el escudo y aseguró el regreso del emblema tradicional, argumentando que esto se hacía por la afición.